本专利涉及一种能适用于场地狭小多层含水层同时观测的多层水位观测井结构。其目的是提供一种多层水位观测井结构，可以降低对施工场地要求，适用于场地狭小而观测点及观测层位数量多的工程项目，能够降低施工成本。一种多层水位观测井结构，包括：挖设于地下的钻孔，所述钻孔的下部含水层中设有下部填砾层，所述下部填砾层的上方设有下部止水层，观测井井管设于钻孔中，所述观测井井管位于所述下部止水层的上部，所述钻孔和观测井井管外壁之间设有上部填砾层、上部止水层和粘土层，所述观测井井管的底部设有沉淀管，所述沉淀管的上部设有滤管，水压传感器设于所述钻孔的下部含水层中，所述水压传感器的电缆线延伸至井口。